Анализ филогенетического дерева семейства MIP из таксонов Bacillales, Burkholderiales

Для выполнения задания была составлена выборка, в которую были включены три части (список соответствующих организмов прилагается):

Далее было получено множественное выравнивание данных последовательностей, и с помощью ClustalX было получено филогенетическое дерево:

Внешняя группа выделена жирным. Белки из архей — красным.
Синим выделены паралоги; паралогами я считал белки из одного организма, но находящиеся на разных кладах дерева (можно, конечно, и на одной кладе, но мы не ищем легких путей. Однако две последоваательнеости на одной кладе будут являться ортологами, если они из разных организмов, и паралогами, если из одного).
Так, паралогами можно считать:

Q73CE1_BACC1 и Q72ZN5_BACC1
Q62FZ9_BURMA и Q62MJ7_BURMA
Q49UD3_STAS1 и Q49X92_STAS1

Как видно, все они находятся на разных кладах, кроме того, они различны по функциям: в каждой паре один белок — аквапорин Z, а другой — транспортер глицерола. Из этого можно сделать вывод, что разделение (удвоение гена, etc) произошло достаточно давно, при том у какого-то одного организма-предка (т.е. паралоги дальние), после чего обе линии развивались параллельно.
Для поиска ортологов проще воспользоваться и филогенетическим, и таксономическим деревьями, а можно и только филогентическиим и машиной SRS (в моем случае все ортологи получились из очень близких организмов — принадлежащих одному роду). Итак, ортологи:

Q3JVT5_BURP1 и Q62MJ7_BURMA
Q46VS8_RALEJ и Q3RZ91_RALME
Q49X92_STAS1 и Q4L602_STAHJ

В каждой паре оба белка выполняют одну и ту же функцию (все кроме второй пары — транспорт глицерола. Кстати, белки второй пары очень интересно организовали отдельную кучку, соответствующую стафилококкам на таксономическом дереве.) А вот и дерево, указанные группы выделены: